モーションキャプチャーシステムには「光学式」の他にも、「磁気式」、「機械式」、「慣性センサー式」、「画像認識式」などのさまざまな方式があります。しかしデータの精度、汎用性、システムの使い勝手、拡張性、被験者への負担（拘束性）、システム設置場所の自由度などの点で「光学式」が優れており、結果としてモーションキャプチャーシステムの主流になっています。被験者に対しては、体表面にマーカーを貼るだけで計測できるため、キャプチャーする動作に制限が少なく、複数人のキャプチャーも可能という利点もあります。「光学式」システムの欠点は、反射マーカーが複数台のカメラから見えていなければならないという原理的な問題です。 マーカーが隠れてしまう状況ではデータが取れないことになります。 ただしMAC3D Systemの制御ソフト“Cortex”では、隠れたマーカーの位置を他のマーカーから計算し補間することも可能で、隠れ状況によっては十分に対応できるようになっています。

なお、「光学式」にも厳密にはパッシブ方式、アクティブ方式があります。パッシブ方式は反射マーカーを使用したMAC3Dのようなシステムです。 アクティブ方式は主にLEDマーカーを使用したシステムです。 アクティブ方式ではLEDマーカーの数やバッテリー装着の必要性などの制限があるため、パッシブ方式に比べて普及していません。